科研处（院校研究室）成立于2001年，始称高等教育研究室，负责学校科研管理、开展高等教育研究等工作。2004年7月更名为院校研究室（同时承担学校科研管理工作）；2012年2月设立科研处，同时保留院校研究室牌子，与科研处合署办公，一套机构及人员。科研处是负责学校科学研究规划、计划、组织管理的职能部门。院校研究室是开展校本研究、服务学校领导的内部办事机构，无对外行政职能。此外，学校学报编辑部（现更名《应用型教育研究》编辑部）、科学技术协会秘书处、学术委员会秘书处均设在科研处。目前，该部门设处长（主任）、科研管理、编辑、院校研究等岗位。

本部门主要负责学校应用型高等教育研究，重点是把现代管理研究成果运用于学校管理的研究，组织对学校办学体制、管理体系和运行机制等的发展方向研究，为学校领导决策提供论证和可行性分析意见；负责学校科研日常管理工作，科协、科研所、协会（学会）指导工作，重点抓好科研立项、编著出版、专利技术、科研培训工作，负责学校科研资料的搜集、管理、保管和存档工作及科研立项课题的定期检查、纪实工作；负责学校教育科研服务质量管理体系的建立、实施、保持、改进和内部审核、管理评审的组织工作；负责学校的制度建设；加强院校研究，总结和提炼学校办学经验与办学特色；起草学校教育事业发展规划；围绕学校科研工作重点，及时反馈科研动态，搞好校际间科研交流工作；编辑出版发行《应用型教育研究》（原《齐齐哈尔工程学院学报》）；负责教工代表大会报告和学校交办的各种文字材料的撰写工作。